Sinopse: Era uma vez, uma raça conhecida como Shadow Angels atacou a Terra para colher a força vital de todos aqueles que habitavam o planeta. Graças a algum milagre ultrajante, os Anjos das Sombras ficaram adormecidos e a humanidade conseguiu viver mais 12.000 anos sem temer sua presença. Mas 11 anos depois que uma catástrofe apelidada de Holy Genesis trouxe ruína à Terra, os Shadow Angels foram despertados de seu sono e retomaram os ataques mais uma vez. Para dar uma chance à humanidade, uma organização conhecida como DEAVA foi formada e o uso de uma arma robótica chamada Aquarion foi autorizado. Para que o Aquarion seja levado ao poder total, três pilotos devem combinar seus corações, corpos e almas em um – um feito que poucos podem esperar realizar. Assim, a busca pelos chamados 'Usuários do Elemento' foi priorizada, na esperança de garantir o futuro da humanidade. Sousei no Aquarion segue a história de Apollo, um jovem quase selvagem criado na pobreza, que se acredita ser um herói lendário reencarnado. Depois que seu melhor amigo é levado pelos Shadow Angels, Apollo escolhe se tornar um piloto de Aquarion. Ele será capaz de mudar o rumo da guerra e libertar a humanidade da ameaça dos Anjos das Sombras de uma vez por todas?