Sinopse: A Terra desenvolveu um sistema de defesa contra grandes meteoritos que estão em rota de colisão com ela. Este sistema de proteção é composto pelos Comet Blasters baseados em várias estações espaciais como 1ª linha de defesa, utilizando ogivas nucleares lançadas por naves espaciais. A 2ª linha de defesa consiste no lançamento de Meteor Sweepers de bases aéreas terrestres usando aviões hipersônicos com mísseis especiais para lidar com os detritos resultantes das explosões. Mikaze é uma garota problemática que é piloto trainee de uma equipe de Meteor Sweeper que sonha em se tornar uma prestigiada piloto de Comet Blaster. Stratos 4 gira em torno dos desafios de Mikaze e seus companheiros de equipe para se tornarem pilotos reais, enquanto a Terra enfrenta as ameaças que vêm do espaço.